今年1月26日，多位美國著名人類學家聯名致信國會眾議院議長南希·佩洛西、參議院臨時議長羅伯特·貝爾德以及眾、參兩院軍事委員會和撥款委員會主席，強烈反對“人文地形系統”項目及其擴大方案。這些人類學家認為，“人文地形系統”是對人類學和其他社會科學專長的不當及無效使用，要求國會立即停止對該項目的撥款，取消該項目的擴大方案，并慎重考慮確保阿富汗、伊拉克及其他地區和平的替代性方案。

為了反對美軍“人文地形系統”，美國人類學家協會列出了四點理由，其中最重要的一點便是，沒有任何公開的、獨立的評估——不論是正面的還是負面的——能夠支持“人文地形系統”對于美國在阿富汗和伊拉克戰場行動的有效性。其次，“人文地形系統”是危險和魯莽的。目前已有三名被派往阿富汗和伊拉克戰場進行“人文地形系統”活動的科學家遇害，而士兵們則抱怨保護這些科學家使得他們的生命處于危險之中。第三，“人文地形系統”揮霍掉大量納稅人的稅款，自2006年項目設立至今已耗資大約2.5億美元。第四，該系統因有悖于人類學和其他社會科學的專業道德和紀律而“不能被認為是合法的人類學實踐”，是人類學“不可被接受的應用”。

很多人類學家認為，“人文地形系統”本質上已經成為美軍為加快“殺傷鏈條”上的行動速度而進行的情報采集分析行動，而不是以減少軍隊和平民傷亡為目的的高尚項目。