隨著基層黨建宏觀層面的“理論障礙”逐一破解，微觀層面的理論困惑和實踐難題也得到有效化解。

——在社區黨建領域，通過實行黨工委報告工作制和職務任期制，進一步完善了黨工委功能；通過建立區、街道和社區三級協調機制，使社區黨建共駐共建問題得到有效解決。

——在新經濟組織黨建領域，一方面全面實行黨組織“內建”的組建模式，另一方面對新經濟組織與國有企業黨組織的“政治核心”作用作出區別，從理論上闡述了“在當前和今后一個時期，新經濟組織黨組織不能像國有企業那樣實行‘黨管干部’和‘參與企業重大問題的決策’”。

——在新社會組織黨建領域，提出了“行政無主管，但黨組織不能無上級”的重要理論命題，指出，作為行業自律組織“行政無上級主管，符合市場經濟原則要求。但幫助黨組織建立具有縱向領導關系的黨建責任主體，不是重新找回行政主管部門這個‘婆婆’，而是黨內健全組織體系的客觀要求”。

——在農村黨建領域，在科學回答和破解農村黨員老化問題的基礎上，針對農村產業結構調整變化、黨員流動性增強等實際情況，積極探索完成了農村基層黨建體制機制的改革創新。

——在國企黨建領域，針對企業由政治單元轉變成獨立自主、自負盈虧的法人實體的客觀變化，指出企業黨組織政治功能由“領導核心”變為“政治核心”，“符合科學原理”。在理順黨建管理體制問題上，探索實行了“兩分開、一分解”。“兩分開”，即將投資者的所有權和企業的經營權分開，以解決政企分開問題；將政府的所有者管理職能和公共事務管理職能分開。“一分解”，就是將繼續散在各政府部門管理的中小企業，通過改制變成新經濟組織后，其黨建工作實行屬地化，由各縣市區依托組織部門或和其他部門成立非公企業黨工委管理。

——在機關事業單位領域，針對機關黨建“各自為戰”的實際情況，采取了“雙重管理體制”，即不論成立黨委或黨組，機關黨建工作一律歸到市直機關工委管理。