戚繼光兼任薊鎮總兵時，對薊鎮構成威脅的蒙古部落主要有三支：西部的韃靼俺答，邊墻外的朵顏、泰寧、福余三衛和東部的土蠻。自隆慶二年（1568）十二月至萬歷三年（1575）正月，朵顏部酋長董狐貍先后5次侵犯邊關，戚繼光率強大的車步騎營，將馬背上的鴛鴦陣發揮得淋漓盡致。步兵與車兵配合作戰，相輔相成，合為一體，與騎兵時分時合，三個兵種結合成一個完整戰斗團體，攻守結合，使蒙古騎兵束手無策，每仗均打得董狐貍大敗而逃。戚家軍在萬歷三年二月，出塞追擊時還活捉了董狐貍的侄子長禿，達到了使朵顏等三衛心寒膽裂的目地，徹底懾服。三月一日，董狐貍率部落頭面人物240多人到喜峰口請罪，對天盟誓，子孫永遠內附，世世代代不再進犯。而俺答部，由于張居正和宣大總督王崇古正確處理隆慶四年（1570）把漢那吉的投奔事件，達成“隆慶議和”，俺答表示臣服，從此再也沒有進犯薊鎮。但土蠻部依然時時在覬覦著薊鎮的財富，于隆慶四年（1570）八月和萬歷三年（1575）四月，兩次集結數萬之眾分別準備進攻古北口和山海關，最后都懾于戚繼光的威名而沒敢進犯，轉而將襲擾的目標轉向遼東。戚繼光分別于萬歷七年（1579）十月和八年十月，二次率兵援助遼東，與遼東總兵李成梁配合作戰，擊敗敵人。

薊鎮，作為北京的門戶，軍事地位十分重要，在戚繼光之前的17年間，調換大將10人，并均因罪而去職，戚繼光在薊鎮16年，薊門宴然。繼任者，隨其成法，數十年間太平無事。

戚繼光所著的《紀效新書》、《練兵實紀》是其軍事思想的集中體現，影響巨大，廣為流傳。《四庫全書》收集兵書20部，其中兩部就是《紀效新書》和《練兵實紀》。戚繼光重修的東起山海關西至居庸關長城成為中華民族的瑰寶，功高當時，譽在千秋。

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