1935年8月,他回到祖國后,正值日本侵略軍制造分離中國的華北事變。他積極參加抗日救亡運動,在上海創辦《大眾生活》周刊,響應共產黨的號召,旗幟鮮明地支持“一二九”學生愛國運動。期間,他擔任上海各界救國會與全國各界救國聯合會的領導工作。他的活動遭到國民黨當局的忌恨,他創辦的《大眾生活》和《永生》雜志先后遭查禁被迫停刊。
1936年11月22日,他因積極宣傳抗日,與沈鈞儒等7人被國民黨當局逮捕,成為著名的救國會七君子之一。1937年全國抗戰爆發后獲釋,在上海創辦《抗戰》三日刊。上海淪陷后,轉至武漢,繼續主編《抗戰》,并將其改編為《全民抗戰》三日刊。武漢淪陷后,到重慶繼續主編《全民抗戰》。1938年任第一屆國民參政會參政員。
抗日戰爭進入相持階段后,國民黨當局加緊迫害民主進步人士,更加嚴厲限制人民的言論、出版、集會、結社等各項民主權利。積極進行抗日宣傳的生活書店及其出版物不斷遭到查禁、封閉。1941年皖南事變后,鄒韜奮被迫再次避走香港。在香港,他繼續宣傳抗日,揭露國民黨當局對日妥協投降傾向和對民主進步人士的迫害。香港淪陷以后,他在中國共產黨幫助下,先后轉移到廣東東江游擊區和蘇北敵后抗日根據地,繼續從事抗日民主的文化宣傳工作。期間,他多次向黨組織提出入黨請求,黨組織認為他以民主人士的身份在國統區工作對黨和革命事業更為有利。
1944年7月24日,鄒韜奮在上海病逝。臨終前,他再次表達了加入中國共產黨的愿望。9月28日,中共中央根據他生前愿望追認他為中國共產黨正式黨員。中共中央在致其家屬的唁電中稱他為“吾黨的光榮”,“韜奮先生二十余年為救國運動,為民主政治,為文化事業,奮斗不息,雖坐監流亡,決不屈于強暴,決不改變主張,直至最后一息,猶殷殷以祖國人民為念,其精神將長在人間,其著作將永垂不朽。”